Margaret Newton kam in Montreal zur Welt, ihre Schullaufbahn begann in einer Ein-Raum-Schule in der Kleinstadt, in der sie mit ihren Eltern und drei jüngeren Geschwistern lebte. Ihre Familie zog mehrfach um, sodass Margaret verschiedene weiterführende Schulen besuchte, bis sie schließlich eine Ausbildung zur Lehrerin in Toronto abschloss. Sie unterrichtete für drei Jahre und sparte ihr Einkommen für eine weiteres Studium.
Nachdem sie ein Jahr lang ein Kunststudium in Hamilton verfolgt hatte, kehrte sie nach Montreal zurück und nahm dort das Studium der Agrarwissenschaft am Macdonald College (Link Englisch) auf. Sie war hier die einzige Frau in einem Jahrgang von 50 Personen und wurde das erste weibliche Mitglied der Quebec Society for the Protection of Plants.
Ihr Beratungslehrer trat 1917 eine Reise in den Westen Kanadas an, um den Getreideschwarzrost zu untersuchen, einen Pilz, der 1916 in einer Epidemie Getreide im Wert von $200 Millionen in Kanada zerstört hatte. Seine Studentin Newton beauftragte er, die eingesandten Proben im Labor zu untersuchen. Sie musste erst bei der Universitätsleistung einfordern, dass die Beschrönkungen aufgehoben wurden, die weiblichen Forschenden die nächtliche Nutzung der Labore untersagte. Diese Regelung wurde aufgehoben, doch Newton musste sich weiterhin an die Sperrstunde um 22:00 ihres Wohnheimes halten. Mit den Ergebnissen dieser Untersuchungen konnte zwei Jahre später ihren Master of Science abschließen – ihren Bachelor of Science hatte sie bereits 1918 als erste Frau am College abgelegt. In ihrer Abschlussarbeit für den M. Sc. ging sie auf die unterschiedliche Widerstandsfähigkeit verschiedener Weizenarten gegen den Pilz ein.
Im Jahr nach ihrem Abschluss, 1920, erhielt sie das Angebot, eine Forschungsstelle an der University of Saskatchewan in Saskatoon anzutreten. Sie folgte diesem Angebot und erhielt schließlich 1922 eine Assistenzprofessur im Fachbereich Biologie, die sie drei Jahre innehatte. Ebenfalls 1922 promovierte sie an der University of Minnesota in Agrarwissenschaft, mit einer Dissertation über den Getreideschwarzrost. Sie erreichte den Doktortitel in Minnesota zur gleichen Zeit wie die Assistenzprofessur in Saskatoon, indem sie ihre Zeit zu gleichen Teilen auf beide Universitäten verteilte: Sechs Monate arbeitete sie in Minnesota, sechs Monate in Saskatoon.
Weitere Getreideschwarzrost-Epidemien nach 1916, in den Jahren 1919 und 1921, hatten zur Gründung eines Dominion Rust Research Lab (Link Englisch) an der University of Manitoba in Winnipeg geführt. 1925 trat Margaret Newton dort die Stelle als leitende Phytopathologin an und blieb in dieser Postion bis zu ihrer Pensionierung. Sie richtete eine jährliche Untersuchung der kanadischen Weizenbestände auf Getreideschwarzrost in West-Kanada ein und machte dabei die entscheidende Entdeckung, dass der Pilz in verschiedenen „Rassen“ auftrat. Diese Erkenntnis ermöglichte es ihr, die Weizen- und andere Getreidearten zu finden, die gegen die jeweiligen Pilzrassen resistent waren. Sie untersuchte weitere Rostpilze und die Umwelteinflüsse, die bei deren Verbreitung eine Rolle spielten. Insgesamt veröffentlichte Newton 45 Schriften zum Getreideschwarzrost und 11 Forschungsarbeiten. 1929 war sie an der Gründung der Canadian Phytopathological Society beteiligt und begann als Herausgeberin der Zeitschrift Phytopathology dieser Gesellschaft zu arbeiten.
Margaret Newtons Forschung war nicht nur in Kanada, sondern weltweit entscheidend bei der Bekämpfung des Pilzes, denn mit ihren Erkenntnissen konnten weitere wirtschaftliche Schäden weitgehend verhindert werden. In Kanada reduzierte sie die Verluste der Landwirtschaft durch Getreideschwarzrost im Laufe der Zeit auf Null. Aufgrund ihrer internationalen Bekanntheit drängte der russische Botaniker Nikolai Iwanowitsch Wawilow die Regierung der UdSSR dazu, Newton einzuladen, um von ihren Erkenntnissen zu profitieren. Sie verweilte drei Monate in Leningrad, um dort 50 ausgewählte Studenten in der Erforschung der Rostpilze zu unterstützen; in dieser Zeit wurde ihr Einblick gewährt in sämtliche Untersuchungen der Sowjetischen Akademie für Landwirtschaftswissenschaften. Wawilow hatte schon seit 1930 versucht, Newton für eine langfristige Arbeit in Leningrad zu gewinnen, unter anderem mit dem Angebot eines großzügigen Gehalts, jedweder technischer Ausrüstung und einer Kamelkarawane für ihre Reisen.
Die Arbeit mit Pilzen wirkte sich leider nachteilig auf Newtons Gesundheit aus: Sie litt an einer chronischen Atemwegserkrankung, die sich durch ihre Tätigkeit verschlechterte. Bereits 1945 setzte sich die Forscherin zur Ruhe und zog nach Victoria. Kanadische Landwirte forderten daraufhin von der Regierung, ihr dennoch die volle Summe ihrer Pension auszuzahlen, weil sie mit ihren Forschungen dem Staat Millionen an Dollar an Schadensausgleichen erspart hätte. Auch im Ruhestand blieb Newton allerdings aktiv, besuchte weiterhin internationale Konferenzen zu Rostpilzen und deren Bekämpfung. Gleichermaßen beteiligte sie sich an Frauenorganisationen und pflegte ihren Garten.
Vor ihrer Pensionierung wurde sie 1942 noch die zweite weibliche Fellow der Royal Society of Canada, 1948 wurde ihr von dieser Insitution die Flavell Medaille verliehen. Ihre Alma Mater in Minnesota ehrte sie mit einem Outstanding Achievements Award, die in Saskatoon verlieh ihr den Ehrendoktortitel in Jura. An der University of Victoria wurde 1964 ein Studentenwohnheim nach ihr benannt (ein anderer nach Emily Carr).
Newton starb 1971 mit 84 Jahren. 20 Jahre später wurde sie in der Canadian Science and Engineering Hall of Fame aufgenommen, 1997 erhielt sie einen Platz auf der Liste der Personen von nationaler historischer Bedeutung der kanadischen Regierung.
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